Структурата на ОДБХ - гр. Варна е обособена в следните отдели:

• Контрол на храните
• Граничен контрол
  • Граничен ветеринарен контрол
  • Граничен фитосанитарен контрол (внос)
  • Внос на храни от неживотински произход
• Лабораторни дейности
• Растителна защита
• Здравеопазване на животните
• Финансово стопанска дейност